deeptools-ngs-analysis
De la autor
NGS CLI for ChIP/RNA/ATAC-seq. BAM→bigWig with RPGC/CPM/RPKM, sample correlation/PCA, heatmaps/profiles around features, fingerprints. For alignment use STAR/BWA; for peak calling use MACS2.
Instalare
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill deeptools-ngs-analysis -a claude-code
Se instalează în .claude/skills/deeptools-ngs-analysis/ · Fiecare comandă descarcă skill-ul direct de pe GitHub cu utilitarul open source skills.
Identic octet cu octet cu commit-ul scanat, cu licența depozitului și un fișier SOURCE.txt.
Vrei ca agentul să-ți propună skill-uri în timp ce scrii? Vezi cum folosești skill-urile din IDE.
Verificări de siguranță pe SKILL.md
Niciun avertisment.
De ce 86
aiqbench calculează scorul de încredere din semnale publice. Nu este un audit de securitate, așa că citește un skill înainte să-l instalezi.
Skill-uri similare
Cele mai apropiate de acesta prin ce fac și când sunt folosite.
- deeptoolsK-Dense-AI/scientific-agent-skillsNGS analysis toolkit. BAM to bigWig conversion, QC (correlation, PCA, fingerprints), heatmaps/profiles (TSS, peaks), for ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq visualization.Marketing★ 54.1K
- samtools-bam-processingjaechang-hits/SciAgent-SkillsCLI toolkit for SAM/BAM/CRAM: sort, index, convert, filter, QC alignments. Core commands: view, sort, index, flagstat, stats, depth, markdup, merge. Required between alignment and variant/peak calling. Use pysam for Python-native BAM access; deeptools for normalized coverage tracks.Inginerie★ 382
- pysamK-Dense-AI/scientific-agent-skillsProvides Python/HTSlib workflows for genomic files. Used when reading, querying, filtering, or writing SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ, or tabix data with pysam, including pileup, coverage, indexing, and CRAM references.Știință★ 54.1K
- pysam-genomic-filesjaechang-hits/SciAgent-SkillsRead/write SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ. Region queries, pileup, variant filtering, read groups. Python htslib wrapper exposing samtools/bcftools CLI. Use STAR/BWA for alignment; GATK/DeepVariant for variant calling.Știință★ 382
- bedtools-genomic-intervalsjaechang-hits/SciAgent-SkillsGenomic interval ops on BED/BAM/GFF/VCF. Find overlaps, merge intervals, compute coverage, extract FASTA, find nearest features. Core for ChIP-seq peak annotation, region filtering, genome arithmetic. Use tabix for indexed single-region queries; use deeptools for normalized bigWig coverage.Știință★ 382
- biopython-sequence-analysisjaechang-hits/SciAgent-SkillsBiopython sequence analysis: parse FASTA/FASTQ/GenBank/GFF (SeqIO), NCBI Entrez (esearch/efetch/elink), remote/local BLAST, pairwise/MSA alignment (PairwiseAligner, MUSCLE/ClustalW), phylogenetic trees (Phylo). Use for gene family studies, phylogenomics, comparative genomics, NCBI pipelines. For PCR/restriction/cloning use biopython-molecular-biology; for SAM/BAM use pysam.Știință★ 382
Note și recenzii
—
nicio recenzie
Ai încercat acest skill? Notează-l ca să-i ajuți pe alții. Autentifică-te
Discuție
Intră în discuție. Autentifică-te