ensembl-database
De la autor
Ensembl REST API for gene/transcript/variant annotations in 300+ species. Gene info by symbol/ID, sequence, cross-refs (HGNC, RefSeq, UniProt), regulatory features. For bulk local use pyensembl; for pathways use kegg-database.
Instalare
npx skills add jaechang-hits/SciAgent-Skills --skill ensembl-database -a claude-code
Se instalează în .claude/skills/ensembl-database/ · Fiecare comandă descarcă skill-ul direct de pe GitHub cu utilitarul open source skills.
Identic octet cu octet cu commit-ul scanat, cu licența depozitului și un fișier SOURCE.txt.
Vrei ca agentul să-ți propună skill-uri în timp ce scrii? Vezi cum folosești skill-urile din IDE.
Verificări de siguranță pe SKILL.md
Niciun avertisment.
De ce 86
aiqbench calculează scorul de încredere din semnale publice. Nu este un audit de securitate, așa că citește un skill înainte să-l instalezi.
Skill-uri similare
Cele mai apropiate de acesta prin ce fac și când sunt folosite.
- kegg-databasejaechang-hits/SciAgent-SkillsKEGG REST API (academic only). Pathways, genes, compounds, enzymes, diseases, drugs via 7 ops (info/list/find/get/conv/link/ddi). ID conversion (NCBI/UniProt/PubChem). Use bioservices for multi-DB Python.Date★ 382
- ucsc-genome-browserjaechang-hits/SciAgent-SkillsQuery UCSC Genome Browser REST API for DNA sequences, tracks, gene models, and conservation across 100+ assemblies. Retrieve sequence by region, list/fetch BED/bigWig tracks, chromosome sizes, RefSeq/GENCODE gene structures, PhyloP/PhastCons scores. Use for UCSC annotations; Ensembl REST API for Ensembl gene IDs and VEP variant annotation.Browser★ 382
- ena-databaseforyourhealth111-pixel/Vibe-SkillsAccess European Nucleotide Archive via API/FTP. Retrieve DNA/RNA sequences, raw reads (FASTQ), genome assemblies by accession, for genomics and bioinformatics pipelines. Supports multiple formats.Date★ 3.8K
- gene-databasejaechang-hits/SciAgent-SkillsNCBI Gene via E-utilities: curated records across 1M+ taxa. Official symbols, aliases, RefSeq IDs, summaries, coordinates, GO, interactions. Use for gene ID resolution and cross-species function queries. For sequences use Ensembl; for expression use geo-database.Date★ 382
- string-database-ppijaechang-hits/SciAgent-SkillsQuery STRING REST API for PPIs (59M proteins, 20B interactions, 5000+ species). Retrieve networks, run GO/KEGG enrichment, find partners, test PPI significance, visualize networks, analyze homology. For chemical interactions use chembl-database-bioactivity; pathways use kegg-database.Date★ 382
- encode-databasejaechang-hits/SciAgent-SkillsENCODE Portal REST API for regulatory genomics: TF ChIP-seq, ATAC-seq/DNase-seq peaks, histone marks, and RNA-seq across 1000+ cell types. Search experiments by assay/biosample/target; download BED/bigWig; retrieve SCREEN cCREs by region or gene. Use to annotate variants with regulatory tracks, find open chromatin in a cell type, or fetch peak files for ChIP/ATAC analysis. For regulatory variant scoring use regulomedb-database; for GWAS associations use gwas-database.Date★ 382
Note și recenzii
—
nicio recenzie
Ai încercat acest skill? Notează-l ca să-i ajuți pe alții. Autentifică-te
Discuție
Intră în discuție. Autentifică-te